El físico, matemático y astrónomo Galileo Galilei desarrolló y publicó ideas que fueron mal vistas por la Iglesia en el siglo XVII, por lo que fue citado a comparecer ante el tribunal de la Inquisición en Roma el 12 de abril de 1633. Se acusó a Galileo de presentar el sistema copernicano, no como hipótesis, sino como algo verdadero. Afirmó que había presentado sus ideas únicamente como hipótesis, pero los asesores del tribunal exhiben una larga lista de citas del libro de Galileo, Diálogo sobre los máximos sistemas del mundo que muestran exactamente lo contrario, pues los argumentos se presentan como concluyentes a favor de Copérnico y en contra del sistema geocéntrico de Tolomeo. El comisario del Santo Oficio vio la oportunidad de acusar a Galileo del grave cargo de perjurio y en una reunión extrajudicial encaró al sabio. Galileo se vio perdido y en la sesión del 30 de abril hizo una declaración ante el tribunal, donde afirma que efectivamente su libro tiene ciertos pasajes que permiten creer que está defendiendo el sistema copernicano. 

La Iglesia en este histórico proceso trató a Galileo con cierta indulgencia, pues su objetivo era silenciar al sabio, no convertirlo en mártir, repitiendo el error cometido con Giordano Bruno. En esta ocasión se trataba de mostrarle al mundo que nadie, así fuese el gran Galileo, podía burlarse impunemente del Papa y desafiar a la Iglesia.

La sentencia fue firmada por siete de los diez cardenales jueces y leída por el tribunal el 22 de junio de 1633 en la Basílica de Minerva. Galileo fue condenado como “sospechoso” de herejía. Además, se ordenó la colocación del Diálogo en el Índice de Libros Prohibidos y el encarcelamiento de Galileo por tiempo indefinido. Galileo leyó, firmó la sentencia y procedió al acto de abjuración cuando, hincado de rodillas, recitó la retractación en la que nadie presente creía. La leyenda afirma que el sabio entre dientes dijo: “¡Eppur si muove¡”, “¡Pero se mueve¡”.

La policía inquisitorial acordó su traslado a Arcetri en las colinas vecinas a Florencia, cerca del convento de sus hijas donde estuvo en casa por cárcel hasta el fin de sus días. Sin embargo, el Diálogo se publicó en latín en Holanda, en París y se tradujo en Londres con gran éxito.

Galilei murió el 8 de enero de 1642 a la avanzadísima edad para su tiempo de 78 años. En el siglo XVIII las ideas de Galileo fueron aceptadas universalmente, aunque el caso Galileo estaba cubierto por un manto de silencio incluso entre los miembros más avanzados de la Iglesia. Las obras de Copérnico, Kepler y Galileo no fueron efectivamente eliminadas del Índice hasta 1820 por decisión del Papa Pío VII. Hacia el año 1894 el Papa León XIII estableció que el dogma de la infalibilidad regía únicamente dentro del terreno de la fe y la temática apostólica. 

Apenas en 1968 se dieron los primeros pasos reales para cerrar la herida no cicatrizada de la condena al hombre al cual la ciencia moderna le debe casi todo. El cardenal Koenig manifestó entonces: “Hay que eliminar las oscuras barreras del pasado. Y una de las más oscuras para la justicia de la Iglesia y de los hombres es el caso Galileo”.  

En 1979, el papa Juan Pablo II reconoció que la Iglesia católica romana se había equivocado al condenar a Galileo y nombró una comisión interdisciplinaria específica para reabrir el caso. La comisión estudió el caso Galileo durante diez años y concluyó que los jueces de la época cayeron en un error subjetivo de juicio, incapaces de disociar la fe de una cosmología anticuada. Pensaron qué si se adoptaba el sistema copernicano no demostrado, la tradición católica sufriría un daño. Fue una equivocación, Galileo no debió de haber sido condenado. 

El 31 octubre de 1992, el Papa Juan Pablo II rehabilitó formalmente a Galileo, pero quedó claro que Galileo no necesitaba de tal gesto. Era la Iglesia la que se rehabilitaba al reconocer su error de 360 años atrás.